1997 Presidente de la Comisión Episcopal de Pastoral Juvenil y Vocal de la Comisión Episcopal de Pastoral Familiar y Representante de la Región Pastoral Sur

2003 Juan Pablo II lo traslada a la Diócesis de Ciudad Netzahualcóyotl, México

2004 Vocal de las Comisiones Episcopales del Clero y de Pastoral Familiar

2007 Representante de la Dimensión Pastoral del Trabajo de la Comisión Episcopal para la Pastoral Social

2010 Benedicto XVI lo nombra Arzobispo de Acapulco. Recibe el Palio Arzobispal de manos del Papa en Roma el 29 de junio y toma posesión de la Arquidiócesis de Acapulco el 22 de julio

Ante la difícil situación por la que atraviesa la ciudad de Acapulco, Garfias Merlos ha enfocado su plan de trabajo en implementar acciones que pongan en práctica las cinco líneas propuestas por el Episcopado Mexicano para la Construcción de la Paz, entre las que destacan una campaña mediática por la paz, acercamiento a los jóvenes, acompañamiento y atención a víctimas de la violencia y la animación de diálogos sociales. Carlos Garfias ha contribuido a crear conciencia de que la paz tiene que ser una construcción social, que implique la justicia, la verdad y la reconciliación.